Bueno hay muchas teorias y opiniones sobre estos temas.
Te dejo varias reflexiones:
1. Los discos deben ser modelos de alta fiabilidad y también rápidos (lo más posible).
2. Actualmente es frecuente disponer de un disco duro SSD (sólido) con unos tiempos de acceso, lectura/escritura muy superiores a los discos convencionales magnéticos. Su coste aún es elevado.
3. Los discos muy grandes de capacidad, se puede, se deben, particionar para organizar mejor los contenidos, desfragmentarlos,...
4. Se suele recomendar situar archivos temporales que se reescriben frecuentemente en otro disco diferente al del OS (Windows), para mejorar el rendimiento, no tener que esperar mientra lee o escribe en el otro archivo.
5. Algo prioritario, importante, es disponer y utilizar un backup, tener duplicados los trabajos, que no se pierdan si falla un disco. Por esa razon, en tu planteamineto cambiaría totalmente el uso del disco extraible, y lo utilizaría fundamentalmente como disco de backup o de copias de archivos de trabajos, y contenidos (documentanción, libros electrónicos, fotos,...) que se quieran mantener, evitando su pérdida si fallase un disco.
6. Por ello yo grabaria o guardaría los trabajos y otras cosas en uno de los dos discos y a la vez lo copiaría en el extraible. Para entregar o compartir trabajos, etc, utiiza memorias, otros discos externos portátiles,...
7. No sé a que programa te refieres que utiliza o crea carpetas Cache (por ejemplo, Bridge, Lightroom) y que se beneficie de separar esas carpetas. (Estando en el mismo disco el acceso no va a ser más rápido). Si conviene de vez en cuando purgar esa o esas carpetas.